Это происходит благодаря обычаям из 1000 до н.э., когда египетские погонщики рабов обменивались мешками с глиной, один погонщик мог выстрелить в голову раба из лука (Ctrl+S) чтобы приостановить передачу, а потом послать нового продолжать нести груз (Ctrl+Q). Во имя соблюдения традиций, эти возможности перенесли в гномий терминал.
To disable Ctrl-s permanently in terminal just add this line at the end of your .bashrc script (generally in your home directory)
stty -ixon