В новом gnome изменить панель можно только нажав правую кнопку + Alt. Однако, это может не сработать. В таком случае необходимо сменить в настройках gnome <Alt> на <Super>. Самый простой способ:
gconftool -s /apps/metacity/general/mouse_button_modifier -t string "<Super>"
UPD: после этого может перестать работать переключение окон по Alt+Tab, так что оптимальный вариант - поменять Alt на Super, изменить панель и потом вернуть всё обратно.
gconftool -s /apps/metacity/general/mouse_button_modifier -t string "<Alt>"
Дополнительная информация о том, как менять ключи gconf-editor при помощи gconftool:
Get the value of a Gnome setting
gconftool -g /desktop/gnome/peripherals/mouse/left_handed
Set the value of a Gnome setting
gconftool -s /desktop/gnome/peripherals/mouse/left_handed -t bool true